คณะการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร มหาวิทยาลัยบูรพา จัดตั้งขึ้นจากความร่วมมือของมหาวิทยาลัยบูรพา และโรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศรเพื่อร่วมกันจัดการเรียนการสอน หลักสูตรการแพทย์แผนไทยประยุกต์บัณฑิต สาขาวิชาการแพทย์แผนไทยประยุกต์ ในการจัดตั้งครั้งแรก ใช้ชื่อหน่วยงานว่า วิทยาลัยการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร โดยมหาวิทยาลัยบูรพา รับผิดชอบการจัดการเรียนการสอนในระดับชั้นปีที่ 1 - 2 โรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศร รับผิดชอบการจัดการเรียนการสอนในระดับชั้นปีที่ 3 – 4 สำหรับการจัดการเรียนการสอนในระดับชั้นปีที่ 3 – 4 นั้น ได้รับที่ดินและงบประมาณจากจังหวัดปราจีนบุรี ตามโครงการยุทธศาสตร์การพัฒนาจังหวัดในการก่อสร้างอาคาร 2 หลัง เป็นอาคารเรียน 3 ชั้น จำนวน 1 หลัง อาคารหอพัก 3 ชั้น จำนวน 1 หลัง ในพื้นที่ 15 ไร่ ใช้ชื่อหน่วยงานว่า “วิทยาลัยการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร” และจังหวัดปราจีนบุรีได้มอบให้โรงพยาบาลเจ้าพระยาอภัยภูเบศรกำกับดูแล เพื่อจัดการเรียนการสอนและอบรมด้านการแพทย์แผนไทย ต่อมากระทรวงสาธารณสุขเห็นว่าภารกิจด้านการจัดการเรียนการสอนไม่ใช่ของโรงพยาบาล จึงได้มอบให้สถาบันพระบรมราชชนก กระทรวงสาธารณสุขกำกับดูแล ส่วนของการจัดการเรียนการสอนในระดับชั้นปีที่ 3 – 4 ที่วิทยาลัยการแพทย์แผนไทยอภัยภูเบศร จังหวัดปราจีนบุรี[1]